Действие "Чистого неба"разворачивается за год до событий оригинальной игры, когда Зона была гораздо более неспокойным местом. Стрелок(он же - -меченый),сумевший добраться до е центра(во время свей первой экспедиции которая была еще до событий первой части),спровоцировал катаклизм.НА вторжение Зона ответила тоннами выбросов,в один из которых угодил главный герой"Чистого неба".Вопреки всему, он выживает , но Зона как будто начинает за ним настоящую охоту. Герой понимает , что единственный шанс на спасение - остановить Стрелка,уже начавшего свой второй поход в сердце Чернобыля. Меченый, в роли которого мы провели немало часов в первом "Сталкере",становится нашим главным и безоговорочным противником.
